بودجه ریزی به عنوان یكی از چالش های فعلی نظام اقتصاد ایران تاریخچه ای ۱۰۰ ساله دارد.تاريخ حكايت از آن دارد كه طى دوران مختلف دولت ها تا حدود زيادى تكيه بر كارشناسان بين المللى را مبناى تحولات ساختارى در بودجه قرار داده اند به گونه اى كه طى چند سال اخير نيز دستورات صندوق بين المللى پول تاثيرات بسيارى در ساختار و نظام بودجه ريزى كشور داشته است.
مورگان شوستر آمريكايى اولين كارشناسى بود كه به صورت رسمى و با هدف سامان بخشيدن به وضعيت مالى دولت ايران در سال ۱۲۹۰ شمسى به ايران آمد.
اما به دليل تشديد بحرانهاى سياسى و اولتيماتوم دولت روسيه پس از ۸ ماه مجبور به ترك كشور شد. پس از گذشت يك دهه يعنى در سال ۱۳۰۱ دكتر ميليسپو كه او هم اهل آمريكا بود با ماموريتى مشابه شوستر به ايران سفر كرد.
وى كه در راس هياتى به ايران آمد، به دنبال يك دوره اقدامات اجرايى بود و قرارداد خدمت و حدود اختيارات وى در سال ۱۳۰۴ به مدت دو سال ديگر تمديد شد.كارشناسان در حوزه بودجه ريزى ورود ميليسپو به ايران را پايان فصل بودجه ريزى سنتى در كشور مى دانند، چرا كه بدين ترتيب درآمدهاى دولت از درآمدهاى كشاورزى و روستايى جدا شد و در حقيقت ساختار بودجه به هم ريخت.
اما سال هاى ۱۳۰۴ تا ۱۳۲۰ دوران شكل گيرى نظام تازه اى براى بودجه ريزى ايران به شمار مى رود. در اين دوران نقش درآمدهاى نفتى در بودجه عمومى دولت جدى نبود و بيشتر صرف هزينه هاى نظامى مى شد.نظام بودجه نويسى در سال هاى ۱۳۱۸ و ۱۳۱۹ به تكامل رسيد و اطلاعات بودجه اى دولت در هفتاد ستون عرضه شد.
از سال ۱۳۳۲ فصل نوينى در نظام بودجه ريزى آغاز شد. از آن سال كشور با وام ها و كمك هاى بلاعوض آمريكا و انگليس مواجه شد و درآمدهاى نفتى نيز نقش مهمى در بودجه پيدا كرد.با افزايش درآمدهاى نفتى و شروع برنامه هاى عمراني، بودجه اهميت مضاعفى يافت و در سال ۱۳۴۵ پيشنهاد لايحه بودجه از وظايف وزارت دارايى خارج شد و در حوزه مسؤوليت نخست وزير درآمد و بدين ترتيب دفتر بودجه در سازمان برنامه تشكيل شد.
از سال ۱۳۵۲ تهيه و تنظيم بودجه كل كشور جزو وظايف سازمان برنامه و بودجه و كليه امور مالى و خزانه دارى در وزارت دارايى متمركز شد.
همانطور كه گفته شد تحولات نظام بودجه ريزى طى ۱۰۰ سال گذشته همچنان ادامه داشته و به سمت اصلاح اين نظام پيش رفته است؛ تا جايى كه در تبصره ۴۸ قانون بودجه سال ۸۰ نيز دولت ملزم به اطلاح ساختار بودجه شد و سازمان مديريت و برنامه ريزى نيز نحوه طبقه بندى اقلام بودجه اى كشور را در لايحه بودجه سال ۸۱ بر مبناى نظام طبقه بندى آمارهاى مالى دولت Gfs تغيير داد.
در اين نظام بودجه به دو بخش كلى دريافت ها و پرداخت ها تقسيم مى شود كه دريافت ها شامل درآمدهاى عمومى است و از اين ميان درآمدهاى نفتى جزو واگذارى دارايى هاى سرمايه اى قرار مى گيرد. از سوى ديگر در برابر درآمدهاى عمومى اعتبارات هزينه اى يا هزينه جارى قرار دارد كه اين دو تراز عملياتى بودجه را تشكيل مى دهد. در مقابل تراز سرمايه اى برابر واگذارى دارايى هاى سرمايه اى است كه از تملك دارايى هاى سرمايه اى كم مى شود. نكته حايز اهميت در اين تعريف اين است كه در اين نظام كسرى بودجه تفاوت بين تراز عملياتى و تراز سرمايه اى بودجه است كه معمولاً از طريق تراز مالى جبران خواهد شد.